Seorang pria bernama Tim Templeton (Tobey Maguire) menceritakan dan menggambarkan dirinya saat berusia tujuh tahun (Miles Bakshi) menjadi cemburu dengan adiknya bernama "Boss Baby" (Alec Baldwin). Ketika ia melanjutkan misi untuk mendapatkan kembali kasih sayang dari orang tuanya (Jimmy Kimmel dan Lisa Kudrow), dia mencari tahu tentang plot rahasia dari CEO Puppy Co Francis E. Francis (Steve Buscemi) yang mengancam stabilitas keseimbangan cinta di dunia.